Der etwa 28,96km südöstlich von Burns gelegene See wird mit Wasser aus dem Donner und Blitzen River und Silvies River gespeist. Das Wasser verlässt den See über den Mud Lake. Er hat eine Fläche von 182km², was einer ungefähren Länge von 30km, sowie einer Breite von etwa 19km entspricht. Malheur Lake ist ein relativ flacher See, da die maximale Tiefe bei 1,52m und die mittlere Tiefe bei 0,60m liegt. Das Einzugsgebiet beträgt 7984,93km². Der See liegt auf einer Höhe von 1247,54m. Die zwei Inseln im See sind Cole Island und Pelican Island.[2]
Der westliche Bereich des Malheur Lakes besteht aus Teichen, die durch kleine Inseln und Halbinseln getrennt ist. Die zentralen und östlichen Abschnitte des Sees sind offener. Das allgemein flache Wasser ist geeigneter Lebensraum für Zugvögel, Wasservögel und Wasserpflanzen.
John E. Cornely, Steven P. Thompson, Charles J. Henny and Carroll D. Littlefield: Nests and Eggs of Colonial Birds Nesting in Malheur Lake, Oregon, with Notes on DDE. Northwestern Naturalist, Band 74, Nr. 2 (Herbst, 1993), S. 42 (JSTOR 3536792)
Allgemeine Daten. Geographic Names Information System. Abgerufen am 16. Februar 2017 (englisch)
Carroll D. Littlefield and Steven P. Thompson: HISTORY AND STATUS OF THE FRANKLIN'S GULL ON MALHEUR NATIONAL WILDLIFE REFUGE, OREGON. The Great Basin Naturalist, Band 41, Nr. 4 (31. Dezember 1981), S. 440–444 (JSTOR41711845)
John E. Cornely, Steven P. Thompson, Charles J. Henny and Carroll D. Littlefield: Nests and Eggs of Colonial Birds Nesting in Malheur Lake, Oregon, with Notes on DDE. Northwestern Naturalist, Band 74, Nr. 2 (Herbst, 1993), S. 42 (JSTOR3536792)
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