Der 14km lange See befindet sich im Kreis Gongbo'gyamda, 55km nordwestlich der Großgemeinde Nyingchi.
Er liegt auf einer Höhe von 3538m und bedeckt eine Fläche von 26km². Der See ist umgeben von bis zu 6000m hohen Bergen. Der See erstreckt sich in Ost-West-Richtung und besitzt eine maximale Breite von 2,25km. Am nordöstlichen Ende mündet sein wichtigster Zufluss in den See. Dieser wird von den Gletschern im Norden und Nordosten gespeist. Am westlichen Seeende, am Abfluss, befindet sich ein Staudamm. Der Basong Tso liegt an einem Zufluss des Nyang Qu, einem linken Nebenfluss des Yarlung Tsangpo.
Das Einzugsgebiet des Basong Tso umfasst 1722km².
Am westlichen Südufer des Basong Tso befindet sich eine kleine Insel, auf welcher das Tsodzong-Kloster aus dem 17.Jahrhundert liegt.
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