Der Faltenjura nimmt den grössten Teil des Juragebirges ein. Er erstreckt sich über die Nord- und Nordwestschweiz (Kantone Aargau, Solothurn, Basel-Landschaft, Zürich), den Berner Jura, den Neuenburger Jura, den Waadtländer Jura sowie angrenzende Gebiete Frankreichs.

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Der Faltenjura wird in den Kettenjura und den Jura der Freiberge eingeteilt:

• Der Kettenjura ist durch mehrere, meist parallel verlaufende Ketten gekennzeichnet, die durch Verfaltung der Sedimente über Anhydrit-Salz-Gesteinen der Trias (Fernschub) entstanden sind. An seiner breitesten Stelle, zwischen Yverdon-les-Bains (CH) und Besançon (F), liegen 16 Ketten nebeneinander. Im Kettenjura befinden sich auch die höchsten Gipfel des Jura, der Crêt de la Neige, Le Reculet, La Dôle und Mont Tendre, welche alle eine Höhe von ungefähr 1700 m erreichen. Die durchschnittliche Höhe liegt bei etwa 1100 m, ohne Erosion wäre der Kettenjura heute rund 2350 m hoch.

• Der Jura der Freiberge (auch Plateaujura genannt, aber nicht zu verwechseln mit dem Tafeljura) ist die zweite Form des Faltenjuras. Man findet dort leicht gewellte Hochebenen. Es wurde lange darum gestritten, wie diese Form entstanden ist. Heute ist man der Ansicht, dass die Landschaft ursprünglich ähnlich wie der Kettenjura aussah, durch die Erosion jedoch schon viel stärker abgeflacht wurde.

Während der Auffaltung der Gebirgszüge und teilweise auch noch später ist ein Gewässernetz entstanden, das sich einerseits nach den Tälern zwischen den Bergketten richtet und andererseits Querdurchbrüche, so genannte Klusen, geschaffen hat, die heute eine grosse Bedeutung für die Verkehrsgeographie haben.

Über die markante am Südostrand des Jura liegende Bergkette verläuft ein Abschnitt eines internationalen Wanderwegs.