Die Insel ist Teil der Seria Anticline und bildet als Teil des Brunei Inner Bars und einen Ausläufer der Anhöhe von Limbang, Malaysia, die sich von Südwesten nach Nordosten in die Brunei Bay hineinzieht. Zu dieser Formation gehört auch die benachbarte Insel Pulau Baru-Baru, die nur durch einen schmalen Kanal und die Simpang 747 von Pulau Pepatan getrennt wird. Aufgrund einer Faltung der Schichten verlaufen zahlreiche Hügelkämme parallel nebeneinander, und so bilden die Inseln Pulau Chermin und Pulau Kaingaran sowie Pulau Berambang im Westen Ausläufer des benachbarten Kammes.
Pulau Pepatan selbst erhebt sich nur wenige Meter über den Wasserspiegel. Sie hat einen ovalen Grundriss und ist heute dicht bewaldet und unbewohnt.[2]
Gustaaf M. Hallegraeff: Biology, Epidemiology, and Management of Pyrodinium Red Tides: Proceedings of the Management and Training Workshop, Bandar Seri Begawan, Brunei Darussalam, 23–30 May 1989. (ICLARM conf. proc, 21; ICLARM contribution, 585; John L. Maclean, hg.) WorldFish 1989, ISBN 971-10-2264-8, S. 10–11. (books.google.de)
National Geospatial-intelligence Agency: Prostar Sailing Directions 2005 Borneo, Jawa, Sulawesi and Nusa Tenggara Enroute. ProStar Publications, 2005, ISBN 1-57785-654-6, S. 339. (books.google.de)
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